A finales de 1965, le diagnosticaron cáncer de garganta. En 1966 se sometió a una cirugía en un intento de eliminar las células cancerosas, por la cual recibió radioterapia y quimioterapia, pero los tratamientos no tuvieron buenos resultados. El 15 de febrero de 1967 entró en estado de coma.
Según la versión de su familia, Robert Oppenheimer falleció el 18 de febrero de 1967, a los 62 años, en su casa, situada dentro de las instalaciones del Institute for Advanced Study, en Princeton, Nueva Jersey, la institución que acogió sus investigaciones durante muchos años, por un cáncer de garganta a causa del tabaquismo, ya que era un hombre que no dejaba de fumar.
Que esta enfermedad produjera la muerte de Oppenheimer era algo que, lamentablemente, esperaban todos los que lo conocían, pues lo describían como un fumador empedernido que pasaba sus días encendiendo un nuevo cigarro con la colilla del anterior.
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